Le SSA a ainsi fait machine arrière vis-à-vis de ce projet et s’est désengagé progressivement puis officiellement à partir du printemps 2024. Ce retrait était légitimé par l’évolution du contexte géostratégique imposant un renforcement des capacités de prise en charge des militaires blessés. Cela s’inscrit dans la volonté du SSA de coller à la nouvelle feuille de route 2024-2030, validée par le ministre des Armées en février 2024 et soutenue par la loi de programmation militaire 2024-2030 adoptée par le Parlement à l’été 2023. Le ministère des Armées a plusieurs fois rappelé que ce retrait était possible selon les dispositions contractuelles signées entre les parties.

Ce retrait dorénavant acté est évidemment reçu de façon très négative par la MSPB car le projet aurait impliqué de sa part un investissement financier de 132 M€, certes aidé par un accompagnement majeur de l’ARS, mais qui a nécessité un recours à l’emprunt de 67 M€ pour lequel la région Nouvelle-Aquitaine, le département de la Gironde et Bordeaux Métropole se sont portés caution solidaire. Pour rembourser ce prêt, la MPSB comptait sur les revenus locatifs prévus dans l’accord signé avec le ministère des Armées et qui auraient du rapporter selon elle 24 M€ sur 20 ans.
La possibilité de sortir du projet Bahia étant prévue dans les documents contractuels, un processus de médiation avec la MSPB, conduit sous l’égide du préfet de Nouvelle-Aquitaine et associant le ministère des Armées et l’ARS Nouvelle-Aquitaine, a été engagé pour en définir les meilleures modalités d’accompagnement. Pour accompagner cette manœuvre sur le territoire, dès novembre 2022, le ministère des Armées a consenti à un schéma d’accompagnement des ressources humaines au profit de la MSPB jusqu’en 2027. Il souligne néanmoins que "malgré un effort substantiel", le volet financier n’a pu aboutir et que l’État a accepté de poursuivre le dialogue au travers d’un processus de conciliation qui a débuté il y a quelques jours seulement et qui doit aboutir dans les trois mois, soit d’ici le mois de septembre 2025.

Ce désengagement mobilise le territoire bordelais à la fois pour des raisons d’offre de soins mais aussi économiques. Ainsi, le Conseil départemental de Gironde a adopté le 30 juin à l’unanimité une motion demandant, selon Hospimedia, le respect des engagements initiaux de l’État avec un apport immédiat de 24 M€ permettant d’équilibrer le modèle économique du nouvel hôpital, la création d’un comité de pilotage national intégrant les ministères concernés, l’ARS, les collectivités locales, la Fondation Bagatelle et les représentants des professionnels de santé, le déblocage d’un fonds de soutien pour sécuriser les paies des personnels et assurer l’ouverture du site dans les délais annoncés, la reconnaissance formelle du statut de Bagatelle comme hôpital d’intérêt territorial et, enfin, "la transparence absolue" sur les décisions de l’État quant à la suite du processus.

Sachant que la mise en fonctionnement des nouveaux bâtiments et services devrait intervenir à l’automne 2025, les collectivités territoriales concernées ont aussi sollicité les ministres respectivement en charge de la Santé et des Armées, ainsi que le Premier ministre, pour demander d’urgence des temps d’échanges.

Notons enfin, que si la directrice de la MSPB assure, selon Hospimedia, « comprendre le changement de projet » qui s’impose au SSA, elle souhaite que l’État prenne en compte les conséquences financières qui incombent à la MSPB.